在蛋白质组学研究中，蛋白质定量是理解生物系统动态变化的核心手段。随着质谱技术的发展，iTRAQ、SILAC 和无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）成为主流的三种定量策略。它们各具特点，适用于不同实验需求。

一、iTRAQ：异位标记，实现高通量多样本比较

1、原理概述

iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）是基于同位素标签的相对定量技术。实验流程中，蛋白质样本经胰蛋白酶消化成肽段后，用含有等质量的同位素标签试剂（通常为4-plex、6-plex或8-plex）进行化学标记。标记后的样本混合一起进行质谱分析，依据MS/MS级别释放的报告离子强度进行定量比较。

2、优势分析

• 多样本并行分析：一次实验可比较4至8个样本，节省仪器时间，减少批次效应。
• 高通量和高覆盖率：特别适用于大规模生物学重复实验或多时间点研究。
• 适配性强：可用于细胞、组织甚至复杂生物体样本。

3、局限性提示

• 定量精度受限于混合策略：样本混合比例若偏差，将直接影响定量结果。
• 低丰度蛋白信号易受抑制效应干扰（Ratio Compression）：导致真实变化被低估。
• 成本较高：iTRAQ试剂价格昂贵，对预算有限的项目存在一定压力。

二、SILAC：代谢标记，确保高准确度定量

1、原理概述

SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）采用稳定同位素标记必需氨基酸（如 ^13C6-赖氨酸、^13C6-精氨酸），通过细胞培养过程中自然代谢引入。轻重标签样本在培养阶段即被标记，收获后等量混合，共同进行蛋白提取、消化和质谱检测。

2、优势分析

• 定量准确性极高：标记发生在细胞生长过程中，避免了后期样本处理差异。
• 简化下游操作流程：标记后即可直接混合，减少批间偏差。
• 动态研究理想选择：如细胞应激反应、药物处理、时间序列实验。

3、局限性提示

• 局限于细胞系统：无法直接应用于原代组织、血浆等复杂样本。
• 培养条件要求严格：需要无标记氨基酸培养基，并确保细胞充分置换标记氨基酸。
• 标记成本和时间成本：对大规模细胞培养实验提出较高要求。

三、无标记定量（LFQ）：灵活且经济的定量选择

1、原理概述

无标记定量基于肽段离子峰面积或峰强度的直接比较，不需要任何同位素标记。通常结合高重复性的数据依赖采集（DDA）或数据独立采集（DIA）策略，通过精准的对齐和归一化算法，实现不同样本间蛋白丰度的相对定量。

2、优势分析

• 无需化学或代谢标记：适用性极广，可覆盖所有类型的生物样本。
• 经济高效：特别适合预算有限或大样本量的研究项目。
• 适配最新质谱平台：如结合DIA策略，可极大提升数据完整性和重复性。

3、局限性提示

• 对质谱仪稳定性要求高：批次间小幅漂移也可能引发系统性偏差。
• 数据处理复杂：需要依赖先进的软件算法进行峰提取、对齐和归一化。
• 生物学重复数量需充足：以弥补单次采集中的潜在随机误差。

四、如何选择适合的定量策略？

面对iTRAQ、SILAC和无标记定量这三种方案，选择应基于实验设计、样本类型、预算和数据精度需求综合考虑：

🔹如果样本量大、需多条件比较，且预算充足，iTRAQ是非常理想的选择。

🔹若关注动态过程、且样本来源于可培养细胞，追求最高定量精度，可以选择SILAC。

🔹当样本异质性大或预算受限时，且拥有高性能质谱平台和成熟的数据处理能力，无标记定量则提供了灵活而经济的方案。

不同方法之间并不存在绝对的优劣之分，关键在于与研究目标的契合度。近年来，结合不同策略的混合定量方法也在快速发展，如SILAC-LFQ结合、TMT-DIA整合，为复杂生物学问题提供了更为细致的数据解析能力。

在蛋白质组学研究中，选择最合适的定量策略，是确保实验成功与数据可靠性的关键一步。无论是倾向于iTRAQ、SILAC还是无标记定量，理解各自技术特点和应用边界，才能最大化发挥质谱平台的潜能。作为科研伙伴，百泰派克生物科技始终致力于为广大科研人员提供高质量、定制化的定量蛋白组分析服务，助力科学探索更进一步。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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